Im zweiten Zyklus wurden in 132 Verfahren alle Organisationseinheiten der UZH evaluiert. 

Theologische Fakultät

• Theologische Fakultät
• Dekanat der Theologischen Fakultät

Rechtswissenschaftliche Fakultät

• Rechtswissenschaftliche Fakultät (Fachgruppen des Rechtswissenschaftlichen Instituts)
• Dekanat der Rechtswissenschaftlichen Fakultät

Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät

• Master of Science UZH ETH in Quantitative Finance
• UBS International Center of Economics in Society
• Institut für Volkswirtschaftslehre
• Institut für Betriebswirtschaftslehre
• Institut für Banking und Finance
• Institut für Informatik

Medizinische Fakultät

• Klinik für Radio-Onkologie
• Klinik für Infektionskrankheiten und Spitalhygiene
• Klinik für Immunologie
• Klinik für Geburtshilfe
• Klinik für Gynäkologie
• Klinik für Neonatologie
• Klinik für Reproduktions-Endokrinologie
• Klinik für Ohren-, Nasen-, Hals- und Gesichtschirurgie
• Institut für Medizinische Mikrobiologie
• Physiologisches Institut
• Schweizerisches Institut für Allergie- und Asthmaforschung
• Institut für Diagnostische und Interventionelle Radiologie
• Kinderspital
• Augenklinik
• Institut für Rechtsmedizin
• Universitätsklinik Balgrist
• Zentrum für Zahnmedizin
• Functional Genomics Center Zurich
• Institute for Biomedical Engineering
• Institut für Klinische Chemie
• Institut für Medizinische Genetik
• Institut für Medizinische Molekulargenetik
• Klinik für Neurologie
• Klinik für Onkologie
• Institut für Klinische Pathologie
• Institut für Neuropathologie
• Biochemisches Institut (MeF/MNF)
• Institut für Molekulare Krebsforschung (MeF/MNF)
• Klinik für Nuklearmedizin
• Zentrum für Kinder- und Jugendpsychiatrie und -psychotherapie
• Anatomisches Institut
• Klinik und Poliklinik für Innere Medizin
• Institut für Biomedizinische Ethik
• Institut für Anästhesiologie
• Institut für Pharmakologie und Toxikologie
• Institut für Orale Biologie
• Dermatologische Klinik
• Klinik für Pneumologie
• Chirurgie
• Abteilung Chirurgische Intensivmedizin
• Klinik für Herz- und Gefässchirurgie
• Klinik für Thoraxchirurgie
• Klinik für Unfallchirurgie
• Klinik für Viszeral- und Transplantationschirurgie
• Klinik für Wiederherstellungschirurgie
• Klinik und Poliklinik für Kiefer- und Gesichtschirurgie
• Urologische Klinik
• Institut für Sozial- und Präventivmedizin (neu: Institut für Epidemiologie, Biostatistik und Prävention)
• Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin
• Abteilung Forschung Chirurgie
• Klinik für Hämatologie
• Klinik für Kardiologie
• Klinik für Gastroenterologie und Hepatologie
• Klinik für Klinische Pharmakologie und Toxikologie
• Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie USZ
• Klinik für Nephrologie
• Klinik für Angiologie
• Klinik für Endokrinologie, Diabetologie und Klinische Ernährung
• Institut für Response-Genetik
• Institut für Sucht- und Gesundheitsforschung
• Psychiatrische Universitätsklinik Zürich
• The KEY Institute for Brain-Mind Research
• Institut für Hausarztmedizin
• Institut für Naturheilkunde
• Institute of Experimental Immunology
• Institut für Medizinische Virologie (MeF/MNF)
• Dekanat der Medizinischen Fakultät

Vetsuisse-Fakultät Universität Zürich

• Vetsuisse-Fakultät Universität Zürich

Philosophische Fakultät

• Schweizerisches Institut für Kinder- und Jugendmedien
• Institut für Externe Schulevaluation
• Institut für Sozialanthropologie und Empirische Kulturwissenschaft
• Asien-Orient-Institut
• Institut für Vergleichende Sprachwissenschaft
• Kunsthistorisches Institut
• Musikwissenschaftliches Institut abgschlossen 2015
• Seminar für Filmwissenschaft
• Institut für Publizistikwissenschaft und Medienforschung
• Soziologisches Institut
• Slavisches Seminar
• Archäologisches Institut und Archäologische Sammlung
• Abteilung Ur- und Frühgeschichte
• Historisches Seminar
• Klassisch-Philologisches Seminar
• Mittellateinisches Seminar
• Institut für Politikwissenschaft
• Institut für Erziehungswissenschaft
• Philosophisches Seminar abgeschlossen 2009
• Jacobs Center for Productive Youth Development
• Deutsches Seminar
• Psychologisches Institut
• Institut für Computerlinguistik
• Romanisches Seminar
• Englisches Seminar
• Institut für Bildungsevaluation Zürich
• Dekanat der Philosophischen Fakultät

Mathematisch-naturwissenschaftliche Fakultät

• Institute of Neuroinformatics UZH/ETH Zürich
• Anthropologisches Institut und Museum
• Paläontologisches Institut und Museum
• Institut für Molekulare Biologie
• Institut für Pflanzenbiologie
• Institut für Systematische Botanik und Botanischer Garten
• Institut für Evolutionsbiologie und Umweltwissenschaften
• Geographisches Institut
• Anorganisch-chemisches Institut (ACI)
• Organisch-chemisches Institut (OCI)
• Physikalisch-chemisches Institut (PCI)
• Studiengang Biologie
• Institut für Mathematik
• Institut für Theoretische Physik
• Physik-Institut
• Studiengang Wirtschaftschemie
• Dekanat der Mathematisch-naturwissenschaftlichen Fakultät

Universitätsleitung, Fachstellen und Zentrale Dienste der Universität

• Infrastruktur/ Immobilienentwicklung
• Bibliothekswesen UZH
• Sprachenzentrum der Universität und der ETH Zürich
• Finanzen
• Graduate Campus
• Gleichstellung
• Akademische Dienste (Alumni, Career Services, Dozierende, Fundraising, Studierende, Internationale Beziehungen)
• Informatikdienste
• Bereich Lehre (Hochschuldidaktik, Weiterbildung, Studienangebotsentwicklung)
• Bereich Forschung und Nachwuchsförderung (Projekt- und Personenförderung, EU GrantsAccess, Unitectra Technologietransfer AG)
• Abteilung Kommunikation
• Rechtsdienst
• Personalabteilung
• Collegium Helveticum