Im ersten Zyklus wurden in 116 Verfahren alle Organisationseinheiten der UZH evaluiert und im Rahmen von Monitorings die Umsetzung der vereinbarten Massnahmen überprüft.

Theologische Fakultät

• Theologische Fakultät

Rechtswissenschaftliche Fakultät

• Bereich Öffentliches Recht
• Bereich Privatrecht

Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät

• Institut für Informatik
• Institut für Operations Research
• Institut für Empirische Wirtschaftsforschung
• Institut für Organisation und Unternehmenstheorien
• Institut für Rechnungswesen und Controlling
• Institut für Strategie und Unternehmensökonomik
• Sozialökonomisches Institut
• Institut für schweizerisches Bankwesen

Medizinische Fakultät

• Departement Chirurgie
• Institut für Pharmakologie und Toxikologie
• Abteilung für klinische Pharmakologie und Toxikologie
• Institut für Anästhesiologie
• Rheumaklinik und Institut für physikalische Medizin
• Dermatologische Klinik und Poliklinik
• Departement Innere Medizin
• Institut für Labortierkunde
• Urologische Klinik
• Zentrum für Kinder- und Jugendpsychiatrie
• Departement Pathologie
• Psychiatrische Poliklinik
• Psychiatrische Universitätsklinik
• Institut für medizinische Genetik
• Institut für molekulare Krebsforschung
• Biochemisches Institut
• Institut für Sozial- und Präventivmedizin
• Neurochirurgische Klinik
• Zentrum für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde
• Institut für medizinische Virologie
• Medizinhistorisches Institut und Museum
• Institut für Klinische Chemie
• Neurologische Klinik
• Institut für medizinische Mikrobiologie
• Anatomisches Institut
• Physiologisches Institut
• Orthopädische Universitätsklinik Balgrist
• Institut für Rechtsmedizin
• Departement Medizinische Radiologie
• Kinderspital
• Departement Frauenheilkunde
• Klinik und Poliklinik für Ohren-, Nasen-, Hals- und Gesichtschirurgie
• Schweizerisches Institut für Allergie- und Asthmaforschung
• Augenklinik und Poliklinik
• Institut für Hirnforschung
• Institut für Biomedizinische Technik

Vetsuisse-Fakultät Universität Zürich

• Vetsuisse-Fakultät Universität Zürich
• Betriebsdienst Tierspital, Vetsuisse-Fakultät Universität Zürich

Philosophische Fakultät

• Englisches Seminar
• Romanisches Seminar
• Institut für Sonderpädagogik
• Pädagogisches Institut
• Psychologisches Institut
• Deutsches Seminar
• Philosophisches Seminar
• Indogermanisches Seminar / Indologie
• Historisches Seminar
• Mittellateinisches Seminar
• Institut für Computerlinguistik
• Seminar für Allgemeine Sprachwissenschaft
• Orientalisches Seminar
• Archäologisches Institut und Archäologische Sammlung
• Ostasiatisches Seminar
• Klassisch-philologisches Seminar
• Institut für Politikwissenschaft
• Völkerkundemuseum
• Slavisches Seminar
• Kunsthistorisches Institut
• Institut für Populäre Kulturen (ehem. Volkskundliches Seminar und Abt. Europ. Volksliteratur)
• Musikwissenschaftliches Institut
• Ethnologisches Seminar
• Soziologisches Institut
• Institut für Publizistikwissenschaft und Medienforschung
• Phonetisches Laboratorium
• Phonogrammarchiv
• Institut für Gymnasial- und Berufspädagogik (Höheres Lehramt Mittelschulen, Höheres Lehramt Berufsschulen
• Seminar für Filmwissenschaft

Mathematisch-naturwissenschaftliche Fakultät

• Institut für Mathematik
• Organisch-chemisches Institut
• Anorganisch-chemisches Institut
• Institut für Theoretische Physik
• Physikinstitut
• Institut für Pflanzenbiologie
• Physikalisch-chemisches Institut
• Zoologisches Institut
• Institut für Molekularbiologie
• Zoologisches Museum
• Geographisches Institut
• Institut für Umweltwissenschaften
• Institut für systematische Botanik und Botanischer Garten
• Anthropologisches Institut und Museum
• Paläontologisches Institut und Museum

Universitätsleitung, Fachstellen und Zentrale Dienste der Universität

• Informatikdienstleistungen (Informatikdienste / Verwaltungsinformatik)
• Telecom/Television
• Unicommunication
• Stab Sicherheit und Umwelt
• Universitätsleitung
• Rechtsdienst
• Finanzabteilung
• Stab Sachmittel / Kredite
• Personalabteilung
• Archiv der Universität (Evaluation durch Staatsarchiv)
• Abteilung Bauten & Räume
• UniFrauenstelle
• Prorektorat Forschung
• Arbeitsstelle für Hochschuldidaktik
• E-Learning Center
• Fachstelle für Weiterbildung
• Rektoratsdienste
• Prorektorat Planung
• Betriebsdienste Irchel und Zentrum
• Sprachenzentrum der Universität und ETH Zürich
• Hauptbibliothek